Poļu karaspēks apmetās Cēsīs un piedalījās cīņās pret maskaviešiem jau ilgi pirms Livonijas ordeņa likvidēšanas. 1560.g. 19. augustā krievu karaspēka nodaļa virzījās uz Cēsīm, kur sastapās ar 309 poļu tatāriem, kas tanī laikā bija pieņemti palīgā mestram. Tatāri krievus sakāva, daudzus nogalināja, astoņus sagūstīja, bet pēc tam devās uz Cēsīm. Cēsinieki, ieraugot tatārus, noturēja tos par krieviem un atklāja uguni, nogalinot septiņus tatārus, to skaitā arī viņu pulkvedi. Kad pārpratums noskaidrojās, tatāri tomēr negribēja ieiet Cēsīs, bet devās uz Sēlpili. ¹ Domājams, par šo kauju 1560.g. 20. augustā arhibīskaps Vilhelms rakstīja mestram: viņš uzzinājis, ka mestra Cēsu rota jeb karogs (fahne) un Polijas karaļa karavīri pie Cēsīm sakāvuši krievu nodaļu un sagūstījuši kņazu Pēteri. ²

Par poļu vienības klātbūtni Cēsīs šajā laikā liecina mestra Gotharda Ketlera 1560.g. 22. augusta vēstule dižciltīgajiem, kurā viņš rakstīja, ka pēc astoņu dienu aplenkuma bijis spiests atdot ienaidniekam Vilandi, un tad ieradies pie Polijas karaļa karavīriem Cēsīs. ³ Mestrs atkārtoja savu pavēli dižciltīgajiem sešu dienu laikā ierasties Cēsīs, nepaklausības gadījumā piedraudot atņemt lēņus. ⁴

Neilgi pēc tam mestrs piedāvāja poļiem Vidzemes pilīs novietot ne tikai karaspēka nodaļas, bet arī poļu prezidijus, ar tiem acīmredzot domājot piļu pārvaldniekus. 1560.g. 7. oktobrī viņš rakstīja hetmanim Hieronīmam Hodkēvičam, ka Cēsīs, Valmierā, Trikātā, Ērgļos un citur var bez briesmām novietot poļu karaspēku un prezidijus (Praesidia), un ka viņš jau ir nosūtījis padomniekus uz Cēsīm, Valmieru un citām vietām, kuri mestra vārdā ieņems karalisko prezidiju vietas. ⁵

Cēsu pils pārvaldniekiem un pilsētas rātei sākotnēji nebija skaidrs, kā izturēties pret poļu karaspēku. 1560.g. 8. oktobrī Cēsu nama komturs un rāte mestram rakstīja, ka Cēsīs nolemts ierīkot prezidiju, un šeit 16. oktobrī ieradīsies poļu karaspēks, tādēļ lūdza mestram tuvākus paskaidrojumus par poļu karaspēka novietošanas vietu un apgādi. ⁶  1561.g. 15. aprīlī Gothards Ketlers rakstīja Cēsu rātei, ka poļu karavīri un viņu pulkvedis palīdzēs cīņās pret ienaidnieku un mudināja iedzīvotājus palīdzēt poļiem. Cēsu nama komturam Ketlers apsolīja nosūtīt 14 lastus rudzu no Rīgas, bet no tiem 6 lastus bija jānodod Cēsu pilsētai. ⁷ Pēdējā vēstule liecina, ka Cēsīs bija apmetusies lielāka poļu karaspēka nodaļa pukveža vadībā.

Likvidējot ordeni, bijušajām ordeņa amatpersonām tika piešķirtas zemes un zemnieki. 1562.g., pirms 17. marta, sastādīts ordeņa ierēdņu, kurus Polijas karalis  apbalvoja un atlaida no dienesta, saraksts. Cēsu šaferam Berntam Hefelnam tika piešķirta Volfārtes muiža ar 80 zemnieku ģimenēm, ⁸ vēstuļu maršalam Henrikam Štrikam – Cēsu nabagu patversmes zemnieki un 35 ģimenes pie Helmes, ⁹ nama komturam Johanam Felbrukam – zeme un 6 ģimenes no Cēsu pilsnovada (ex districtu Wendensi), ¹⁰ drostam Melhioram Hafekenšem – 24 ģimenes no Burtnieku muižas. ¹¹

Pēc Livonijas sabrukuma Gothards Ketlers nomitināja savus stārastus jeb kastelānus Siguldā, Cēsīs un Valmierā, bet mazās ordeņa pilis ieķīlāja vai piešķīra mantojamā lietošanā. Stārasti bija piļu komandanti, kuru galvenais pienākums bija rūpēties par viņiem uzticēto piļu aizsardzību. ¹² Pirmais Cēsu stārasts bija Josts fon Firstenbergs, bijušais ordeņa bruņinieks, 1560.g. bija Helmes vietvaldis, 1560.-1562.g. – Helmes pils kumpāns, 1562.g. – poļu kastelāns Cēsīs, 1577.g. viņš uzturējies Krimuldā. ¹³ Kā Cēsu stārasts viņš dokumentos minēts 1567.g., 1568.g. 23. martā, bet pēdējoreiz – 1583.g. 16. maijā. ¹⁴

Pēc Lietuvas – Livonijas apvienošanās līguma, kas noslēgts Grodņā 1566.g. 25. decembrī, jaunais Polijas – Lietuvas valdījums – Pārdaugavas hercogiste bija jāiedala 4 kastelānijās: Rīgas, Turaidas, Cēsu un Daugavpils. Katrā no tām vajadzēja būt kastelānam kā tiesas priekšsēdētājam, 3 karaļa ieceltiem piesēdētājiem, diviem muižnieku ievēlētiem asesoriem un rakstvedim. Kastelāniju robežas teritoriāli sakrita ar ordeņa laiku administratīvajiem kompleksiem. Cēsu kastelānijā ietilpa ordeņa zemes no Rīgas līdz Helmei un Rūjienai. ¹⁵

Saskaņā ar Varšavas seimā 1582.g. pieņemto Livonijas konstitūciju, tika veikta administratīvā reforma. Poļu Livonija tika iedalīta Cēsu, Pērnavas un Tērbatas prezidentūrās. Cēsu prezidentūru veidoja 31 apgabals: Aizkraukles, Doles, Daugavgrīvas, Dinaburgas, Mālpils, Salaspils, Kokneses, Krustpils, Ļaudonas, Limbažu, Lielvārdes, Ludzas, Viļakas, Nītaures, Ādažu, Ērgļu, Piebalgas, Ropažu, Raunas, Rēzeknes, Cesvaines, Aderkašu, Smiltenes, Svinenes, Trikātas, Ikšķiles, Cēsu, Skujenes un Siguldas. ¹⁶ Par Cēsu prezidentūras dabiskajām robežām tika notektas Gauja, Daugava un Maskavija. Zemes tiesu vajadzēja noturēt reizi gadā, tās priekšsēdētājs bija prezidents, bet tiesneši – četri dižciltīgie. Sv. Staņislava dienā un Sv. Miķeļa dienā Cēsīs bija jānotur visas poļu Livonijas tiesnešu konventus. ¹⁷ Ja ņem vērā arī faktu, ka ar minēto konstitūciju Cēsīs tika nodibināta Livonijas bīskapijas katedra, Cēsis kļuva par poļu Livonijas administratīvo un garīgo centru, kura normālu funkcionēšanu gan apgrūtināja cara Ivana IV armijas iebrukumi 1577. un 1578.g., kā arī ilgstošais zviedru – poļu karš 1600.-1629.g., turklāt Cēsis skāra gan aktīvā karadarbība, gan bads un epidēmijas. Cēsu pilsētu postīja arī ugunsgrēki. Viens no tiem neuzmanības dēļ izcēlās 1568.g. otrdienā pēc Palmu svētdienas, un tajā nodega lielākā daļa pilsētas. ¹⁸

Iepriekšējo pētnieku darbos bieži pavīd viedoklis, ka Cēsu pilī ir apmeties pirmais Polijas karaļa apstiprinātais Livonijas bīskaps Jans Patrīcijs Nideckis. Vēsturiskā situācija un avotu ziņas liecina, ka tas, visticamāk, nav noticis.

Cēsu bīskapija ar katedru Cēsīs, kā arī Cēsu prezidentūra, vēlākā vojevodiste, tika nodibinātas ar 1582.g. Polijas – Lietuvas seimā pieņemto Livonijas konstitūciju. ¹⁹ Ar karaļa Stefana Batorija 1582.g. 4. decembra dekrētu Livonijas bīskapijai tika piešķirtas Valmieras, Trikātas, Burtnieku u.c. muižas, kā arī nami Cēsīs, Tērbatā un Pērnavā. ²⁰

Sākumā par Cēsu bīskapu karalis gribēja iecelt savu sekretāru Dmitriju Soļikovski, tomēr viņš atteicās. Par bīskapu tika nominēts Aleksandrs Meļinskis, kurš mira 1583.g., pat neredzējis savu bīskapiju. Kā nākamo karalis par bīskapu nominēja savu sekretāru un pazīstamo literātu Andreju Patrīciju Nidecki. Pāvests viņu apstiprinājis amatā Romā 1585.g. 20. maijā. Savā bīskapijā Nideckis ieradās tikai astoņus mēnešus pirms savas nāves Valmieras pilī 1587.g. ²¹ februārī, ²² tātad –  ap  1586.g. aprīli.

Cēsu pils historiogrāfijā figurē nepamatots uzskats, ka bīskaps Nideckis ir atjaunojis Cēsu pili un apmeties tur dzīvot. Visticamāk, šī uzskata pamatā ir Kurzemes hercoga padomnieka Laurentija Millera 1585.g. izdotajā grāmatā ”Septentrionalische Historien (Ziemeļu stāsti)” publicētais: kardināls Radzivils licis skaisti atjaunot Rīgas pils iekštelpas un uzrakstīt uz sienas vārsmas, kas pauž triumfu par to, ka jezuīti ir iekarojuši Rīgu, ko nevarēja paveikt maskavieši. ²³ Tāpat jaunais bīskaps, kura vārdu L. Millers nepiemin, licis atjaunot Cēsu pili un virs sava ģerboņa likt šīs divas rindas: „Haeresis & Moschi postquam devicta potestas: Livonidum primus pastor ovile rego”. Rindiņu nozīme ir šāda – pēc tam, kad uzveikta ķeceru un maskaviešu vara, valdīt sācis Livonijas pirmais gans, resp. bīskaps. ²⁴ Bīskaps Nideckis L. Millera grāmatas izdošanas laikā vēl nebija ieradies Livonijā.

Mācītājs Kristians Kelhs savā 1695.g. izdotajā Livonijas hronikā rakstīja, ka bīskaps Patrīcijs uz atjaunotās Cēsu pils lepni licis uzlikt savu ģerboni ar parakstu – divrindi latīņu valodā, ko publicējis L. Millers. ²⁵ K. Kelhs nemin avotus informācijai par Cēsu pils atjaunošanu. No K. Kelha šo viedokli aizguvuši vēlākie autori un pētnieki. Tā Rīgas birģermeistars Peters Šīfelbeins 18.gs. 30.-tajos gados pie pils pirmās ieejas no pagalma puses virs durvīm esot redzējis kādu uzrakstu, Johana Patrīcija ģerboni un pantus par hereziju un maskaviešiem, ko Šīfelbeins redzējis Kelha hronikā. ²⁶

Vēsturnieks R. Malvess ir izteicis minējumu, ka 1590.g. pils revīzijas aprakstā minētos karaļa Stefana Batorija ģerboņus priekšpils un konventēkas otrā stāva logos būs licis uzgleznot stārasts Suhodoļskis vai bīskaps Nideckis par godu karalim. P. Šīfelbeins šo ģerboni būs redzējis kāpņu tornīša logos, un to noturējis par bīskapa ģerboni. R. Malvess pieļāva iespēju, ka bīskaps būs dzīvojis mestra istabā, un viņš vai Suhodoļskis būs licis apgleznot durvis, kas veda no bruņinieku zāles un ir minētas 1590.g. revizijas aktā. ²⁷ Viedokli, ka Nideckis ir atjaunojis pili un dzīvojis bijušajā mestra istabā, nekritiski ir pārņēmis I. Dirveiks.

Neviens no rakstītajiem avotiem Nidecka dzīvošanu Cēsu pilī un atjaunošanu pēc viņa rīkojuma neapstiprina. Saglabājušās ziņas liecina, ka viņš dzīvojis Valmieras pilī, kur arī miris. Viņas laikabiedrs, jezuīts Ertmanis Tolgsdorfs pēc bīskapa nāves rakstīja priesterim Johanam Kromeram, ka tieši pēc Nidecka nāves no viņa guļamistabas Valmieras pilī neizskaidrojamā veidā ir nozagtas dažādas dārglietas 2000 guldeņu vērtībā. ²⁸ Maz ticams, ka bīskaps tik vērtīgas dārglietas būs vadājis līdzi vai glabājis mazāk drošākā vietā, kāda bija viņa pastāvīgā dzīvesvieta. Visticamāk, Nidecka dzīves laikā Cēsu pils, kas pēc 1582.g. revīzijas ziņām bija neapdzīvojama, vēl nebija atjaunota. 1590.g. revīzijas materiāli rāda, ka daļa pils ir atjaunota, tomēr nav sniegtas nekādas norādes, ka tās telpas būtu izmantojis bīskaps. Telpu interjers – gari galdi un soli, skapji, karaļa ģerboņi – liek domāt, ka tās ir izmantojušas pārvaldes iestādes. Ēkā pie Lādemahera torņa, visticamāk, varēja atrasties zemestiesa, par ko liecina arī cietums torņa pagrabā, stārasts dzīvoja nesen būvētā koka ēkā priekšpils pagalmā, bet konventēkas DR korpusa otrā stāva telpas varēja izmantot Cēsu prezidents, kā arī Cēsu prezidentūras landtāgi.

Nav pamata domāt, ka pilī būtu dzīvojis arī nākamais Cēsu bīskaps Oto Šenkings. Pēc izcelsmes viņš bija Livonijas dižciltīgais, kurš pārgājis no luterticības katoļticībā. ²⁹ Par bīskapu O. Šenkings nominēts 1590.g. 19. februārī. Viņš pārcēla bīskapa rezidenci no Valmieras uz Cēsīm un atbalstīja jezuītu darbību Vidzemē, cik vien to atļāva poļu – zviedru karš. ³⁰

Tā kā pili bija aizņēmušas pārvaldes iestādes, bīskaps pēc rezidences pārcelšanas, visticamāk, būs uzbūvējis sevišķu ēku, kur apmesties viņam, bīskapijas kapitulam un jezuītu misionāriem. Šāda ēka minēta 1610. gadā, kad bīskaps Oto Šenkings nodibināja Cēsīs pastāvīgu jezuītu rezidenci, ierādot tiem dzīvošanai koka māju blakus katedrālei, kur jau mitinājās Cēsu kapituls (una cum capitulo Vendensi prope ecclessiam cathedralem domum ligneam). ³¹ Ēka atradusies Jāņa baznīcas aizmugurē. 1693.g. J. A. Ulriha kartē tam blakus iezīmēts arī tā dēvētais klostera laukums, uz kura atradies Jāņa dīķis.

Vēl viena liecība, ka poļu laikos Cēsu bīskapijai un stārastijai bijušas atsevišķas teritorijas un pārvalde, bet pils atradusies stārastijas pakļautībā, ir Zviedrijas karaļa Gustava Ādolfa veiktā atsevišķā bīskapijas un stārastijas izlēņošana Zviedrijas valsts kancleram Akselam Uksenšernam. 1622.g. 19. augustā tika izlēņota Cēsu bīskapija, kurai piederēja Valmieras pils (bīskapa Nidecka rezidence!) un pilsēta, Burtnieku pils, Cēsu benefīcijs un Mujānu privātmuiža. ³² Cēsu stārastija tika izlēņota 1627.g. 7. jūlijā, un tajā ietilpa Cēsu pilis ar pilsētu un tās muižām. ³³

Prezidentūras 1598.g. tika pārdēvētas par vojevodistēm, saglabājot to teritoriālo iedalījumu un pārvaldi. ³⁴ Saskaņā ar konstitūciju, bez tiesas priekšsēdētāja – prezidenta (no latīņu valodas vārda praesedere – sēdēt priekšā, vadīt) katrā prezidentūrā vēl vajadzēja būt tiesnesim, 6 piesēdētājiem un rakstvedim, kurus nominēja karalis no muižnieku izvēlētiem kandidātiem. ³⁵

1586.g. Vidzemes muižnieki panāca, ka tiek izveidota vienota Cēsu zemes tiesa, kas iecēla prezidentu. Pēc 1598.g. prezidentus nomainīja karaļa apstiprināti vojevoda un kastelāns, kuriem pienācās vieta Polijas senātā. 1598.g. Varšavas seima konstitūcijā noteikts, ka prezidentu vietā nozīmējamajiem vojevodām jābūt tādām pašām tiesībām kā vojevodām Lietuvā un Polijā. ³⁶

Zemākos amatus un stārastijas bija jāpiešķir vienlīdzīgās proporcijās trīs nāciju pārstāvjiem: poļiem, lietuviešiem un livoniešiem jeb Vidzemes vāciešiem. Cēsīs pulcējās poļu Livonijas muižnieku sapulces, ko poliski sauca par seimikiem, bet vāciski – par landtāgiem. Svarīgākie jautājumi tika izlemti sapulcēs, kur bez muižniekiem piedalījās arī augstākās amatpersonas. Tā 1573. gada 14. augustā Bērzaunes un Kalsnavas dzimtkungs Heinrihs Tīzenhauzens ziņojumā Vidzemes landtāgam pieminēja pēdējo karalisko kastelānu, padomnieku un Pārdaugavas hercogistes muižnieku sapulci Cēsīs, kurā nolemts, ka muižniekiem no katriem 20 apsaimniekotiem arkliem armijai jādod viens apbruņots jātnieks. ³⁷

Seimikā Cēsīs 1599.g. martā muižnieki ievēlēja tiesnešus un piesēdētājus visām Livonijas vojevodistēm. ³⁸ Jāatzīmē, ka Cēsu vojevodas amats Žečpospoļitā tika piešķirts arī laikā, kad vojevodiste vairs faktiski neeksistēja – līdz pat 18.gs. vidum. ³⁹

Prezidents un zemes tiesa iztiesāja gan civilās, gan krimināllietas, kā arī veica juridisku aktu apstiprināšanu. 1590.g. 16. februārī Cēsu prezidents (Vorsteher zu Wenden) Georgs Fārensbahs Cēsu konventā (Convent zu Wenden) apliecināja, ka Heinrihs Budenbroks ir bijis uzticīgs Polijas kronim un cīnījies ar krieviem pie Pleskavas. ⁴⁰ 1598.g. 17. oktobrī Cēsu pilstiesā ieradās Adzeles vicekapitāns Ādams Šrapfers un nodeva liecību lietā par Laurentija Verbicka sūdzību par Vilhelma Mollera 10. oktobrī nodarīto varmācību Maceja Bjalkovska kalpotājam. Sevišķi svarīgas vai sarežgītas tieslietas risināja karaļa nozīmēti komisāri. Tā 1599.g. 8. martā Cēsīs ģenerālkomisāri uzdeva Cēsu kastelānam Georgam Šenkingam 14 dienu laikā atdot atpakaļ sūdzētājam Macejam Bjalkovskim Adzeles prefektūru un samaksāt viņam 3000 florēnus kā zaudējumu kompensāciju. ⁴¹

Prezidenta, vēlāk vojevodas sēdeklis un zemes tiesa, kā arī stārasta un garnizona miteklis, visticamāk, atradās Cēsu priekšpils ēkās un konventa ēkā, kas daļēji tika atjaunotas pēc 1577. un 1578. gada cīņu postījumiem. 1590.g. bija atjaunots un apdzīvots konventa ēkas D korpuss, kur, kā liecina telpu iekārtojums, varēja atrasties prezidenta dzīvojamās un darba telpas, kā arī zāle, kas bija piemērota viesu uzņemšanai un muižnieku sanāksmēm. Par pārvaldes iestādes esamību liecina inventarizētie garie galdi, kas nepieciešami sēdēm, skapji un plaukti. Aprakstītas arī A korpusa telpas, tomēr tur nav minētas mēbeles, un daudzi logi tajās bija bez rūtīm, kas liecina, ka telpas nebija apdzīvotas. Mēbeles tika minētas, sākot ar Svētku zāli D korpusā, kas dēvēta par “lielu istabu” (izba wielka). Uz to veda pildītas durvis. Zāles logos bija ievietotas jaunas rūtis, tikai vienā trūka loga rāmja, bet otrs rāmis bija salauzts; svina režģi atradās trijos logos. Telpā atradās divi garie galdi, trīs krēsli un krāsns. Antresola stāvā virs zāles bija pieliekamais kambaris (spizarnia).

No ”lielās istabas” apgleznotas durvis (drzwi malowane) veda uz dzīvojamo telpu, kurā bija divi logi ar dzelzs režģiem, bet trešais bija aizmūrēts. Telpā bija skapis ar dzelzs režģi. Šī ir tā sauktā Mestra istaba. Apgleznotās durvis un, kā tika konstatēts 20.gs. beigās, arī apgleznotās sienas liecina, ka arī poļu laikos telpā dzīvoja ievērojama persona. Agrākie autori uzskatīja, ka tas bijis bīskaps Patrīcijs Nideckis, tomēr, ņemot vērā to, ka bīskaps, visticamāk, līdz savai nāvei mitinājās Valmieras pilī, jādomā, ka telpas apdzīvotājs bija prezidents J. Fārensbahs.

Zem Mestra istabas bija velvēta telpa uz kuru veda dzelzs durvis uz virām; tām bija ārējā atslēga un aizšaujamais, bet telpā atradās divi logi ar dzelzs režģiem. Spriežot pēc iekārtojuma, telpa bija paredzēta sevišķi vērtīgu lietu, iespējams, naudas un dārglietu, kā arī dokumentu glabāšanai.

No zāles veda durvis uz dzīvijamām telpām virs vārtu ailas (pokoiom nad brame). Pirmā telpa bija tukša, bet tās logos bija ievietoti jauni rāmji, otrajā telpā atradās glazētu podiņu krāsns, priežu koka galds, divi soli, krēsls un pieci plauktiņi. Trešā telpā bija tukša, ar vienu logu, un no tās uz augšu veda kāpnes. Kāpņu telpā atradās piecrūšu logs ar karaļa Stefana ģerboni. Ceturtajā telpā, kas atradās virs pašas vārtu ailas, bija trīs logi, vienā no tiem atkal bija ievietots karaļa Stefana Batorija ģerbonis. Telpai visapkārt atradās trīs soli (lavy), kas liecina, ka tā bija piemērota oficiālām sēdēm. ⁴²

1582.g. Cēsu pils artilērija un munīcijas krājumi nebija bagātīgi, kas izskaidrojams ar revīzijas aktā minēto karaļa pavēli aizvest lielgabalus uz Alūksnes pili. Cēsis atradās tikai nedaudzi lauka lielgabali: 1 mazais falkonets un 5 serpentīni. Vairāk bija arkebūzu: 58 lielās un 33 mazās āķa bises. Pilī glabājās 523 lielgabalu un 3700 arkebūzu lodes, 2500 mazo lauka lielgabalu (“mūku” jeb “lauka čūsku”) lodes 10 centneri svina, 2 centneri un 4 mārciņas pulvera, kas bija jāpārstrādā par jaunu, kā arī atsevišķi glabātas šaujampulvera sastāvdaļas: 3 divcentneru mucas sēra, 2 nepilnas viencentnera mucas sēra un 2 ½ centnera salpetra. Pie ieročiem minētas arī 12 laternas, acīmredzot paredzētas lielgabalu aizdedzināšanai. ⁴³ 1590.g., kad pils jau bija atjaunota un tajā uzturējās poļu garnizons, ieroču un munīcijas krājums tomēr bija samazinājies. Arsenālā atradās 6 vara serpentīni un 2 citi lielgabali, 30 lielās un 22 mazās vaļņu bises, gan derīgas, gan nederīgas, 16 lodes liela kalibra lielgabaliem un 500 lodes serpentīniem, kā arī neliels daudzums pulvera un sēra. ⁴⁴

1590.g. pie pils dzīvojošo pils kalpotāju profesijas – bende un ziņnesis norāda uz pārvaldes iestāžu atrašanos pilī. Citi pils kalpotāji šajā gadā bija galdnieks, gleznotājs – itālietis, skroderis, dārznieks un seši sulaiņi. ⁴⁵

Pirmais Cēsu prezidents bija Jirgens (arī Georgs, Jerži) Fārensbahs, kuru karalis nominēja 1585.g. 4. martā, bet amatā apstiprināja 1588.g. 20. februārī.  Ar 1598.g. 14. aprīli viņš stājās jaunizveidotajā Cēsu vojevodas amatā.

Jirgens Fārensbahs savā laikā izpelnījās ievērību kā profesionāls karavīrs un viens no slavenākajiem un talantīgākajiem kara algotņu komandieriem. Livonijas kara laikā viņš cīnījās visās četrās karojošajās pusēs, kas neizraisīja nosodījumu laikā, kad karaspēkus veidoja algotņi, kuru nodarbe tika uzskatīta par profesiju. Talantīgs algotņu komandieris dažādās valstīs bija tikpat pieprasīts kā labs amatnieks.

J. Fārensbahs bija Livonijas muižnieka dēls, dzimis 1551.g. Merjamas draudzē Igaunijā. Jau ļoti agrā jaunībā viņš dienēja kā algotnis vairākās zemēs: Zviedrijā, Francijā, Ungārijā (1566.g.) un Nīderlandē, un visbeidzot iestājās ķeizara Maksimiliana II galmā. 19 gadu vecumā viņš atgriezās Livonijā, kur karadarbība jau risinājās pilnā sparā. J. Fārensbahs pievienojās zviedru algotņiem sava mātesbrāļa Klausa Kursela vadībā un piedalījās cīņās ar krieviem Rēveles apvidū, nokļuva krievu gūstā, bet Ivans IV viņu atbrīvoja un norīkoja komandēt vācu algotņus, kas cara armijā piedalījās cīņās ar Krimas hanu Devletgireju. Pateicoties J. Fārensbaha pesonīgajai drosmei, 1572.g. 1. augustā pie Molodiem cara armija smagi sakāva tatārus. Visās kaujās J. Fārensbahs cīnījās pirmajās rindās, tādējādi izpelnīdamies gan algotņu, gan ienaidnieku cieņu un apbrīnu.

Tanī pašā gadā viņš atstāja cara dienestu. Dānijas karaļa Frīdriha II uzdevumā viņš 1577.g. vadīja Dancigas aizstāvēšanu pret poļu armiju, par ko karalis viņu iecēla par Sāmsalas vietvaldi uz mūžu. 1580.g. ar sava kunga – Dānijas karaļa atļauju J. Fārensbahs iestājās arī Polijas dienestā. Viņa algotņi lielā mērā 1581.g. izšķīra krievu – poļu cīņu par Livoniju, tāpēc Fārensbaham tika piešķirta Cēsu stārastija, bet 1584.g. – Karksi pils un virsritmeistara amats Livonijā. Tas izraisīja Frīdriha II dusmas, un viņam tika atņemta Sāmsalas vietvalža vieta. Zviedru – poļu kara sākumā J. Fārensbahs piedalījās daudzās kaujās Vidzemē, arī Cēsu apkārtnē. 1601.g. viņa vadībā Rīga atbrīvota no zviedru hercoga Zēdermanlandes Kārļa armijas aplenkuma. Kad poļi pārgāja pretuzbrukumā un sāka atgūt cietokšņus Igaunijā, J. Fārensbahs 1602.g. 17. maijā krita, aplencot Vilandi. ⁴⁶

Slavenais karavadonis apprecēja Jaunpils īpašnieka Matiasa fon der Rekes atraitni Sofiju fon Firksu, tādējādi iegūdams muižas Kurzemē. Viņa dēls Volmars Fārensbahs arī kļuva par algotņu vienību komplektētāju un komandieri. 1617.g. viņš Kurzemes hercoga Vilhelma Ketlera un zviedru pusē nostājās pret poļiem.

J. Fārensbaha pārziņā atradās arī Livonijas muižnieku karavīri, kuri tiem bija jānodrošina arkla dienesta ietvaros. 1585.g. 5. martā J. Fārensbahs tika nominēts par Livonijas dižciltīgo bruņoto spēku komandieri (praefectura nobilitatis nostri Livoniam germanici sanguinis bellicum), 1588.g. viņš saukts par Livonijas hetmani, bet 1600. un 1601.g.  – par Livonijas muižnieku komandieri. ⁴⁷

Polijas – Lietuvas valstī ievērojami un sevi pierādījuši karavadoņi bija arī citi Cēsu vojevodas. Jādomā, ka Polijas karalis, nominējot vojevodas, pirmkārt ņēma vērā kandidātu karotāja spējas, jo Cēsu vojevodiste atradās naidīgas valsts – Zviedrijas pierobežā, un tās teritorijā pastāvīgi notika bruņotas sadursmes. 1602.g. nominētais Macejs Dembinskis (Dembinski) pirms tam atradies Pērnavas vojevodas amatā, piedalījies cīņās zviedru – poļu kara sākumā. ⁴⁸ Kšistofs Sluška (Sluszka), pirms tam Minskas vietvaldis, par Cēsu vojevodu tika nominēts 1609.g., miris ap 1619.g., ⁴⁹ 12 gadus bija ķeizara Rūdolfa II Hābsburga galminieks, Trockas vojevodas Aleksandra un Livonijas pulkveža Mikolaja brālis. Livonijas muižnieks Teodors Dēnhofs, nominēts 1620.g., miris 1622.g., pirms tam bija Polijas armijas pulkvedis, vācu kājnieku komandieris un Pērnavas vojevoda.

Cēsu pils komandanti un pilsnovada pārvaldnieki – stārasti bija poļu mužnieki, kuri turklāt bija pieredze karaspēka komandēšanā un pārvaldes darbā. Jans Zborovskis (Zborowski), minēts 1577.g., bija Polijas hetmanis un Gņeznas kastelāns, Mikolajs Suhodoļskis (Suchodolski), nominēts 1578.g., dienēja Polijas Kroņa armijā kā rotmistrs, Jans Abramovičs (Abramowitz),  nominēts 1589.g., miris 1602.g., pirms Cēsu stārasta amata pildīšanas bija Tērbatas prezidents un Lidzas stārasts. Sv. Jāņa baznīcā ir saglabājusies Cēsu stārasta Prokopa Peņonzeka no Kruzloveju dzimtas (Peniazek z Kruzlowej), kurš minēts 1582.g. 19. decembrī un miris 1589g. 4. jūlijā, ⁵⁰ 1591.g. 14. maijā mirušās sievas Annas no Vzošovcu dzimtas (Anna de Vrzosovcze) kapa plāksne. Mirusī uz kapakmens attēlota, tērpta mūķenes apģērbā un guļoša uz liela spilvena. ⁵¹

Kā liecina 1582. un 1590.g. Cēsu pils revīziju materiāli, stārasti bija arī pilsnovada saimniecības vadītāji, kas noteica nodevas zemniekiem, deva rīkojumus ierīkot jaunas muižas.

Arī pils tiesā darbojušies notāri bija poļi: 1612.g. minētais Staņislavs Vojnarskis (Wojnarski), un 1619.-1625.g. minētais Lorenss Čampskis (Czampski). ⁵² Viens no Cēsu zemes tiesas rakstvežiem, kurš minēts 1596. un 1598.g., bija ievērojamais humānisma laikmeta jurists un literāts Dāvids Hilhens. Viņš dzimis 1561.g. Rīgas tirgotāja ģimenē, studējis jurisprudenci Tībingenes, Heidelbergas un Ingolštates universitātēs, pēc studijām satuvinājās ar Polijas aristokrātiem un darbojās Žečpospoļitas lielkanclera Jana Zamoiska kancelejā. Pēc atgriešanās Rīgā D. Hilhens kļuva par Rīgas rātes sekretāru un piedalījās sūtniecībās uz Varšavu un Viļņu, lai panāktu Kalendāra nemieru izraisīto domstarpību starp rāti, ģildēm un Polijas valdību atrisināšanu. 1588.g. pēc D. Hilhena uzaicinājuma savu spiestuvi no Holandes uz Rīgu pārcēla grāmatiespiedējs Nikolajs Mollīns. 1589.g. D. Hilhenu ievēlēja par pilsētas sindiku. Pēc viņa ierosmes tika izveidota Rīgas pilsētas bibliotēka, nodibināta bāriņu tiesa, reformēta Domskola un rātes kanceleja.

Pēc poļu – zviedru kara sākuma 1600.g. D. Hilhens tika apsūdzēts valsts nodevībā un bija spiests bēgt uz Lietuvu. Viņam Rīgas rāte piesprieda nāves sodu un atņēma īpašumus. D. Hilhenu karalis reabilitēja tikai gadu pirms viņa nāves – 1609.g., bet līdz tam D. Hilhens darbojās kā rakstvedis Cēsu zemestiesā, izstrādāja Vidzemes zemes tiesību un likumu kodeksu, piedalījās cīņās ar zviedriem kopā ar saviem draugiem – karavadoņiem J. Zamoiski un J. Fārensbahu. Kaujā pie Vilandes 1602.g. nāvējoši ievainotais J. Fārensbahs nomira uz D. Hilhena rokām. ⁵³

1582.g. Cēsu pils revīzijas materiālos atrodamas pirmās ziņas par Cēsu pilsnovada zemnieku pienākumiem pret pili. Pie Cēsu pils piederēja deviņi (dokumentā minēts, ka pieder 10, bet uzskaitīti 9) pagasti (pagast): Tolmša (Tolmsch), Dzīslenu (Dzislem), Avotēnu (Awoten), Līvu (Liben), Gaidānu (Gaidan), Kudliņu (Kudelin), Vibānu (Wiban), Grīvļānu (Grywlan) un Purniču (Purnitz). Iespējams, kā desmitais pagasts domāta Āraišu pils (zamiek Aries) jeb Vecās Cēsis (Stara Kies), kas bija gandrīz tukša no iedzīvotājiem. Dokumentā minēts, ka zemnieki “kopš seniem laikiem” devuši no arkla 4 pūrus rudzu, 4 pūrus miežu, 4 pūrus auzu, bet tagad grūto laiku dēļ stārasts tiem zemniekiem, kam ir zirgs, atļāvis dot pa 2 pūriem no katras labības, bet tiem, kam zirga nav – pa vienam pūram. Tāpat zemniekiem pienākas nodot uz Sv. Jāņa dienu no katra arkla pa aunam, kviešus pa 1 siekam no ciemata, linus pa ½ podam, apiņus pa ½ podam, kaņepes pa ½ podam, sienu pa vezumam, malku pa 4 vezumiem. Senāk zemnieki devuši arī no mazākiem pagastiem pa diviem, bet no lielākiem pagastiem pa trim vēršiem un, saskaņā ar likmi, zināmu skaitu nobarotu cūku, kā arī pa 1 vistai un pa 10 olām. Naudas nodeva tikusi maksāta 7½ poļu grašu no arkla. ⁵⁴ Nav iespējams noskaidrot laiku, kad ”vecās” nodevu normas tikušas ieviestas.

Cēsu pilij piederošās vakas jeb pagasti uzskaitīti 1601.g. zviedru ieņemto Vidzemes apvidu arklu revīzijā. Mestru laikos Cēsu pilij (Hause) piederējušas 4 vakas: Tolmešu (Tollmesch), Dzīslēnu (Seselnisch), Avotēnu (Awetannss), Līvu (Luwisch). Āraišu jeb Veccēsu (Arrass oder aldt Wenden) muižai piederējušas Inķēnu (Incken), Geidānu (Geyden), Vībenu (Wiben), Gribelēnu (Gribelen), Purnicu (Purnitz) un Kudelēnu (Kuddelen) vakas. Uz 1601.g., pēc karu un epidēmiju postījumiem no šīm vakām bija saglabājušās sekojošas: Gribelēnu, Geidānu, Dzīslēnu, Līvu un Tolmešu (Gribelen, Geyden, Syselem, Liewen, Tollmen). Gribelēnu vakā dzīvojis brīvnieks Ratnieks (Radteneck), kuram pilij par labu bija jātaisa ratus un ragavas. ⁵⁵ Otram ratniekam – Hermanim no Līvu vakas bijis iedots ½ arkla zemes, par ko viņam jāstrādā pils labā. ⁵⁶ Cēsu baznīcas atrodas kā pilsētā, tā arpus tās. Mācītājs sprediķo abās valodās, par ko viņam maksā algu rāte. Atzīmēts, ka mestru laikos mācītāja alga dota no pils. ⁵⁷

Itālijā dzimušā Polijas armijas virsnieka Aleksandra Gvaņīni sarakstītā hronika “Eiropas Sarmātija”, kas pirmoreiz 1578.g. izdota  latīniski, bet 1611.g. – poliski, ⁵⁸ liecina, ka Cēsu pils minētajā laikā vēl bija saglabājusi mestru rezidences un Livonijas galvaspilsētas slavu. Saskaņā ar A. Gvaņīni rakstīto, Cēsis (Winda) ir pils un miests ar vojevodisti, kas poliski saukts Kiesia. Līdz šim tā bijusi aizsargāta (obrone), tagad izpostīta (nadpustoszone). Tur mestriem atradusies galvaspilsēta un seimu vieta. Tagad Cēsis atrodas Polijas karaļa valdījumā, to augstākais pārvaldnieks ir Žemaitijas stārasts un Livonijas augstākais gubernators Jans Karols Hodkēvičs kopīgi ar Lietuvas lielkņazistes lielo maršalu. ⁵⁹ Acīmredzot Livonijas gubernatora pārvaldībā Cēsis atradās līdz prezidentūras izveidošanai.

Sākot ar 1600. gadu, pēc Ivana IV uzbrukuma atjaunotās Cēsis daudzkārt piedzīvoja karadarbības radītus postījumus. Kā liecina 17.gs. sākuma kauju apraksti, Cēsu pilī atradās visnotaļ liela poļu karavīru vienība, kas spēja sakaut lielās zviedru karaspēka vienības, kas uzbruka Cēsīm.

1600.g. sākumā Zēdermanlandes hercogs Kārlis sūtīja kādus 1000 vīrus uz Cēsīm, lai tās iekarotu. Svētdienā, kad tie pienāca, Jirgens Fārensbahs ar 50 zirgiem un dažiem muižniekiem bija devies uz Nītauri, nezinādams, ka zviedri ir tuvumā. Tomēr Dembinskis un pulkvedis Veiers drosmīgi devās ārā no cietokšņa, ar nelielu karavīru skaitu piespieda zviedrus bēgt, aizdzina tos līdz Gaujai, kur aptuveni tūkstotis zviedru noslīka, bēgot pāri Gaujas ledum, bet daudzi simti palika kaujas laukā, zaudējot visus lielgabalus, karogus un citas mantas. Tomēr, kad poļi saņēma ziņu, ka Valmiera ir ieņemta, viņi, izņemot Dembinski, piepildīja ratus ar namnieku labību un atstāja pili un pilsētu. Vojevodam Matiasam Dembinskim vēlāk ceļā uz Piebalgu uzbruka zviedri, un viņu sagūstīja. ⁶⁰ Gada beigās pulkvedis J. Fārensbahs devās uz Cēsīm, kur apvienojās ar M. Dembinska nodaļu. ⁶¹

Pēc 1600.g. Ziemasvētkiem zviedru feldmaršals Morics Vrangels un pulkvedis Johans Bengtsons ar dažām smagi bruņoto vācu algotņu – jātnieku (reiteru) un kājnieku (knehtu) rotām devās uzbrukumā Cēsīm. Kad poļi pilsētā to redzēja un devās uzbrukumā, vācu reiteri knehtus atstāja. Vairumu knehtu poļi apkāva, bet kad citi bēga atpakaļ uz Gauju, ledus ielūza un daudzi no tiem noslīka. ⁶² Reiteri bēga uz Karksi, turklāt izlaupīja kājnieku bagāžu un izpostīja zemi tā, ka nācās domāt, ka tie ir nodevēji. Kad to uzzināja hercogs Kārlis, viņš ar visu armiju griezās atpakaļ uz Cēsīm, ieņēma pilsētu un pili, bet drīz pēc tam arī Valmieru un Raunu. Šinī un nākamajā gadā Vidzemē karadarbības un neražas dēļ izcēlās briesmīgs bads, kuru pārdzīvoja tikai aptuveni desmitā daļa zemnieku. ⁶³

1600.g. augustā poļi, padzirdējuši par hercoga Kārļa armijas tuvošanos, pameta Cēsu pilsētu neapsargātu, ko izmantoja zviedri un viegli ieņēma pilsētu. ⁶⁴ Poļi Cēsis atguva, bet 1601.g. 2. februārī hercogs Kārlis atkal ieņēma Cēsu pilsētiņu, bet 3. februārī – arī Valmieras pili un pilsētiņu. ⁶⁵ 1601.g. 4. jūlijā poļi atkal atņēma zviedriem Cēsu pilsētu. ⁶⁶

Poļu karaspēka nodaļām nereti nācās pamest Cēsis, lai iesaistītos karadarbībā citās vietās, un jādomā, ka tādēļ zviedri vairākkārt spēja ieņemt pilsētu un pili. 1601.g. 23. septembrī Polijas karalis ar abiem saviem pulkvežiem izgāja no Ikšķiles. Apakšpulkvedis jau pirms tam bija devies no Kokneses uz Cēsīm ar 4000 kazakiem caur Ropažu apgabalam pāri Gaujai un arī caur Straupi. Viņiem sekoja lielgabali ar munīciju. Bet 10. oktobrī karalim sekoja Cēsu vojevoda Jirgens Fārensbahs ar 4 skotu rotām, kuras viņš bija atgādājis no Prūsijas. ⁶⁷ 1605.g. septembra sākumā feldmaršals Jans Karols Hodkēvičs no Vilandes cauri Valmierai izlauzās uz Cēsīm, lai saņemtu pastiprinājumu – karavīrus no Lietuvas, jo bija saņēmis ziņu, ka hercogam Kārlim ir liels karaspēks. ⁶⁸ 1607.g. 13. oktobrī zviedri izlaupīja un izdedzināja Cēsis, un devās prom no turienes, ⁶⁹ kas liecina, ka pils bija slikti aizsargāta.

Iespējams, par pēdējo zviedru uzbrukumu rakstīja arī Rīgas birģermeistars Fr. Nīenstets, nenorādot datumu, bet paziņojot vairākas uzbrukuma detaļas. Zviedri Cēsīm uzbruka pēc Burtnieku pils ieņemšanas, uzspridzināja vārtus un ieguva pilsētu un pili. No ieņemšanas “ar sevišķu veiklību” (autors tuvāk nepaskaidro, kā tas izpaudies) izvairījās pils komandanta (stārasta) namiņš (Schlosshauptmann Haeuslein), uz kuru no visām pusēm devās karavīri. Kad to pamanīja zviedri, viņi aši devās prom. ⁷⁰

1615.g. 3. janvārī Vidzemes muižnieki Rīgas pilī noturēja landtāgu, kurā Cēsu bīskaps un pulkvedis Dēnhofs piedalījās kā karaļa sūtņi. Domstarpību dēļ Fārensbahi un citi poļu dzimuma dižciltīgie noturēja separātu landtāgu Cēsīs, tādējādi sadaloties divos pulkos. Hronists Johans Bodekers, vērtējot šo šķelšanos, piezīmēja: “Un tā nabaga Vidzeme varētu vēlēties ko labāku.” ⁷¹ Poļu muižnieku pārcelšanās uz Cēsīm liecina, ka tur viņi rada lielāku drošību un stabilitāti. Iespējams, šo konfliktu sakarā 1619.g. augustā Cēsīs Lietuvas lielhetmanis Karols Hodkēvičs kā karaļa pilnvarotais noturēja komisāru tiesas sēdi (judicium commissoriale), un no Cēsīm 21. augustā uz Kurzemi devās zviedru atbalstītājs, J. Fārensbaha dēls, Volmārs Fārensbahs ar saviem vācu algotņiem. ⁷²